1. Fluviales
Corresponden a los cauces de ríos, arroyos o quebradas permanentes e intermitentes. Incluye las pozas, cascadas y cataratas.
Cauce de río
2. Estuarinos
Son hábitats de aguas profundas y tierras adyacentes con influencia de mareas, donde el agua oceánica es diluida por agua dulce. Incluye los estuarios, marismas y deltas en las desembocaduras de los ríos.
Delta en el Golfo de Nicoya
3. Marinos
Son las áreas litorales expuestas a los flujos de aguas oceánicas hasta el límite posterior de las fanerógamas (plantas marinas) o arrecifes de coral, o en su ausencia, hasta los 6 metros de profundidad en marea baja. Incluye bahías, praderas de algas, arrecifes de coral, entre otros.
Pradera marina
4. LacustrinosSon hábitats acuáticos localizados en una depresión topográfica o drenaje represados natural o artificialmente. Está conformado por los lagos y lagunas, de agua dulce, salada o salobre, los permanentes y los estacionales, así como los represamientos.
Laguna El Campo, San Vito de Coto Brus
5. Palustrinos
Son todos los humedales de tipo no mareal, cuyos niveles de profundidad en las depresiones no excede los dos metros y su salinidad es inferior a 0,5%. Corresponde a los pantanos, turberas y bosques inundados, permanentes o estacionales.
Bosque anegado
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